Winfried Bönig wurde 2001 zum Domorganisten in Köln berufen. Seit 1998 leitete er bis 2025 als Professor für künstlerisches Orgelspiel und Improvisation den Studiengang „Katholische Kirchenmusik“ an der Hochschule für Musik und Tanz Köln; seit 2025 lehrt er Orgel und Liturgisches Orgelspiel an der Robert-Schumann-Hochschule in Düsseldorf.
Bönig war und ist Interpret zahlreicher Uraufführungen von Werken, die ihm Komponisten widmeten, so beispielsweise von Enjott Schneider, Jean Guillou, Naji Hakim, Stephen Tharp, Colin Mawby, Robert HP Platz und Daniel Roth. Schon seine erste CD mit Orgelwerken von Dietrich Buxtehude, erschienen 1988, wurde von der europäischen und amerikanischen Musikkritik begeistert rezensiert. Zahlreiche weitere Aufnahmen - als Organist und Dirigent - folgten und summieren sich inzwischen zu einer langen Diskographie unterschiedlichsten Repertoires. Große Beachtung fanden die Einspielungen der Orgeln im Kölner Dom sowie eine CD mit einer eigenen Transkription von Bachs Goldberg.
